Agent のコンテナの出⼒したファイルでホストのディスクが圧迫されてしまいます。

Docker のデフォルトの設定ではログがホスト上に JSON ファイルに出⼒されるようになっているので、ロギングドライバの設定が必要になります。
詳細は Docker の公式ドキュメント（ https://docs.docker.com/config/containers/logging/configure/ ）を参照ください。